De acordo com o Organograma, os órgãos da Administração da Funep são: a Diretoria Executiva, o Conselho Curador (órgão normativo, deliberativo e de controle interno da Administração) e o Conselho Fiscal (órgão de fiscalização financeira e contábil). O Compliance Officer é de apoio ao Conselho Curador e tem como missão básica: apoiar no planejamento, organização, implantação, execução, controle e melhoria contínua do sistema de gestão antissuborno.

São áreas de assessoria da Diretoria Executiva: a Assessoria Jurídica, a qual prestará serviços advocatícios de natureza consultiva, preventiva e contenciosa, visando sempre o patrocínio do interesse da Funep e o Encarregado pelo Tratamento de Dados Pessoais que atua como canal de comunicação entre o controlador, os titulares dos dados pessoais e a Autoridade Nacional de Proteção de Dados; da Gerência Administrativa, a Coordenação da Qualidade, a qual tem como atividade o acompanhamento, detecção das necessidades e resolução de problemas apontados pelos auditores internos e externos.

Setores Operacionais:
Setor de Projetos
Setor de Eventos
Livraria e Editora

Setores de Apoio às atividades:
Recursos Humanos (RH)
Compras
Financeiro
Controladoria (Contabilidade, Fiscal e Patrimônio)
Tecnologia da Informação