A Funep presta contas à Curadoria de Fundações do Ministério Público do Estado de São Paulo e as suas contas são auditadas pelo Tribunal de Contas do Estado de São Paulo.
Com o objetivo de tornar mais transparente as suas ações perante a sociedade, a Funep, na página da Transparência, disponibiliza informações sobre os convênios e contratos firmados com Entidades Públicas, em especial quando do recebimento de recursos públicos ou aplicados com este intuito.
Ademais, a Funep apresenta os relatórios de prestação de contas, segundo as normas e legislações pertinentes à fundação e à sua gestão.