A Fundação de Apoio a Pesquisa, Ensino e Extensão – Funep é instituição jurídica de direito privado de fins não econômicos ou lucrativos; possui autonomia didático-científica, administrativa, patrimonial, financeira e operacional; foi constituída com fins educacional, pesquisa científica, produção e divulgação de informações e conhecimentos técnicos e científicos; é detentora de imunidade tributária prevista no inc. VI do art. 150 da Constituição Federal do Brasil. Este artigo define as imunidades previstas no texto constitucional e dentre elas estão as imunidades das instituições de educação e de assistência social no tocante aos impostos, em especial quanto ao patrimônio, a renda e os serviços.

Como entidade sem finalidades econômicas ou lucrativas de caráter científico e educacional, atende os requisitos previstos nos arts. 12 e 15 da Lei nº 9.532, de 10 de dezembro de 1997, e arts. 13 e 14 da Medida Provisória nº 2.158-35, de 24 de agosto de 2001, e é, portanto, imune ou isenta do IR (Imposto de Renda), da CSLL (Contribuição Social sobre o Lucro Líquido), da Cofins (Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social) e da Contribuição para o PIS/Pasep sobre o faturamento.

É detentora da imunidade tributária no município de Jaboticabal, em conformidade com o Código Tributário Municipal (Lei Complementar – LC, nº 07/1992, alterada pela LC 081/2006). Portanto, a Funep é imune ao recolhimento do ISS (Imposto sobre Serviços de Qualquer Natureza), quando emite suas Notas Fiscais pelos serviços prestados. É imune, também, do recolhimento do Imposto Predial e Territorial Urbano (IPTU).

É contribuinte normal do ICMS - Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços. É contribuinte para o PIS/Pasep sobre a folha de pagamento.

Recolhe a contribuição previdenciária ao INSS (Instituto Nacional do Seguro Social) devida pelos empregados e prestadores de serviço, como também da parte patronal devida pelas empresas para o INSS.